Per molto tempo l'architettura di Malta non fu influenzata dal resto d'Europa. Solo dal Sud d'Italia arrivarono alcune influenze all'isola. Fino la metà del secolo XVI c'erano solo due città di grandezza considerevole, la città portuale di Birgu e la capitale di allora Mdina.

Il resto della popolazione viveva in piccoli villaggi. Nel 1530, arrivò sull'isola l'Ordine di San Giovanni Battista. Temendo un attacco da parte dei Turchi iniziarono a fortificare Birgu, perché in quanto città portuale risultava amena. Birgu era la nuova sede dell'Ordine, in modo tale da essere ampliata secondo il volere dell'Ordine stesso, fu chiamato a pianificare le nuove chiese e residenze dell'Ordine, Bartolomeo Genga .