I due musei ecclesiastici più importanti sono nelle cattedrali di Mdina e Victoria. A Mdina si espongono i modelli di alcune case della città, documenti dell'epoca dell'Inquisizione e vari dipinti con temi sacri, monete e antichità romane. Interessanti sono le incisioni di Alberto Durero.

A Victoria sono esposti duemila pezzi, tra documenti degli archivi della chiesa e antichi paramenti di dignitari ecclesiastici.