In quest'isola ci sono molte chiese; molti maltesi dicono che sono 365, una per ogni giorno dell'anno. La più famosa è sicuramente la Cattedrale di San Giovanni a La Valletta, la capitale. I due artisti più importanti che vi lavorarono sono Cassar e Preti. Cassar progettò una facciata, Preti disegnò gli interni. Molti vedono la Cattedrale come la prova dell'entusiasmo dell'Ordine di Malta per l'arte.

Molto più recente è la Basilica Ta' Pinu. Questo è il luogo di pellegrinaggio preferito dai Maltesi. Nel Giugno del 1883 c'era una piccola cappella dove una donna disse di aver sentito la voce della Vergine Maria. La leggenda dice che grazie alle preghiere che si recitarono, Gozo si salvò dalla peste. In ringraziamento di questo si innalzò una chiesa più grande.

La Cattedrale di San Paolo fu edificata secondo i piani di Gafa agli inizi del XVII secolo a Mdina. Precedentemente c'era un'altra chiesa, distrutta dal terremoto del 1693. Secondo la tradizione la vecchia chiesa era costruita nel terreno della casa di San Publio, il primo cristiano dell'isola.

La Cattedrale di Gozo in stile barocco fu anch'essa disegnata da Gafa. Vi si trova un tempio dedicato alla dea Giunone, costruito dai romani. La costruzione è relativamente piccola, adornata da marmi e ornamenti sacri. Quando visiti un achiesa devi avere sempre un abbigliamnto adeguato, gambe e braccia devono essere coperte.