El museo de arqueología se encuentra en un antiguo albergue de la Orden de San Juan en Valletta. Esta contrucción le es atribuida a Cassar. En el interior, se pueden ver hallazgos de los templos, como vajillas de barro y diversas esculturas. La más famosa de ellas es la Dama durmiente. También en las salas del museo se muestran fragmentos de peñascos adornados provenientes de diversos templos.

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